يعكس الهيكل التنظيمي للمؤسسات التوزيع الإداري والوظيفي داخل المؤسسة، حيث يتم تنظيم المهام وتحديد المسؤوليات لضمان تحقيق الأهداف بكفاءة. يبدأ الهيكل التنظيمي لكلية الصيدلة بجامعة الجوف بسعادة رئيس الجامعة، يليه مجلس الكلية، ثم عميد الكلية الذي يشرف على العديد من الوحدات واللجان التنظيمية.
يتضمن الهيكل عدة أقسام رئيسية مثل المجلس الاستشاري واللجان الداخلية، بالإضافة إلى رؤساء الأقسام العلمية والوحدات الإدارية. يوجد وكيل ووكيلة لشطري الطلاب والطالبات على الترتيب.
الوحدات الأساسية تشمل وحدة الشؤون الأكاديمية، وحدة الخريجين، وحدة الدراسات العليا والبحث العلمي، وحدة الجودة والاعتماد الأكاديمي، وحدة الإرشاد الأكاديمي، وحدة الاختبارات، وحدة المختبرات.