مقرر رسالة الماجستير في الأحياء الدقيقة هو حجر الزاوية في برنامج الماجستير، حيث يمثل فرصة للطالب لتطبيق المعرفة النظرية التي اكتسبها خلال دراسته، وإجراء بحث أصيل في مجال محدد ضمن تخصص الأحياء الدقيقة. يهدف المقرر إلى تطوير مهارات الطالب البحثية، و قدرته على التحليل النقدي، و صياغة المشكلات العلمية، و اقتراح الحلول، و كتابة البحوث العلمية.