يُعتبر تشكيل المجالس الإدارية والاستشارية في كلية الصيدلة ركيزة أساسية لتحقيق التميز والابتكار في العملية التعليمية والبحثية. كما يُعد خطوة استراتيجية أساسية تضمن تحقيق التكامل بين جميع أقسام الكلية العلمية والإدارية ، وتعزز من قدرتها على مواجهة التحديات المستقبلية في ظل بيئة تعليمية متغيرة
وتتميز الكلية باحتوائها على عدة مجالس تعمل جميعها متكاتفة لتحقيق أهداف الكلية والجامعة في إطار الخطط الاستراتيجية واللوائح التي تعمل على تنظيم عمل تلك المجالس. وتتجلى أهمية المجالس في تمكين الكلية من اتخاذ قرارات مدروسة تستند إلى آراء الخبراء والمختصين من مختلف القطاعات، مما يعزز من مصداقية وفاعلية السياسات المعتمدة. إضافة إلى ذلك، تسهم المجالس في بناء جسور التواصل بين الكلية والقطاع الصناعي والمهني، مما يفتح آفاقًا واسعة للتدريب العملي والبحث العلمي التطبيقي.
ومن ضمن تلك المجالس: -
1-    مجلس الكلية
يعد مجلس الكلية المنصة الرئيسية لصياغة السياسات والخطط الاستراتيجية التي تحدد مسار الكلية في المستقبل، إذ يتشكل هذا المجلس برئاسة عميد الكلية كما يضم الوكلاء من شطري الطلاب والطالبات ورؤساء الأقسام العلمية وبعضًا من أرباب العمل وخريجي الكلية، مما يضمن تنوع الآراء والخبرات. ومن خلال هذا المجلس، يتم تبادل الأفكار والمقترحات التي تسهم في تطوير البرامج الأكاديمية بما يتناسب مع احتياجات سوق العمل والتحديات المعاصرة في مجال الصيدلة. كما يعمل مجلس الكلية على وضع الاستراتيجيات التي تهدف إلى تحسين جودة التعليم وتوفير بيئة تعليمية محفزة للطلاب والهيئة التدريسية على حد سواء.
2-    مجالس الأقسام
تُشكل مجالس الأقسام حجر الزاوية داخل الكلية من حيث المهام المنوطة بها أكاديمية كانت أو بحثية ، ويوجد بالكلية خمسة أقسام رئيسية هي: قسم علم الأدوية ، قسم الصيدلانيات ، قسم الصيدلة الإكلينيكية ، قسم العقاقير ، قسم الكيمياء الصيدلانية. 
وتتشكل مجالس الأقسام من رئيس القسم وجميع أعضاء هيئة التدريس به ، يشاركون جميعًا في اتخاذ القرارات الخاصة به مما يتيح بيئة مثالية لمناقشة التحديات الأكاديمية والتخطيط للمستقبل. ويعمل كل قسم على تطوير المناهج التعليمية الخاصة به بما يواكب التطورات العالمية في مجال الصيدلة. إضافة إلى التركيز على البحث العلمي والتطوير في المجالات المتخصصة، مما يسهم في تعزيز مكانة الكلية على المستوى الإقليمي والدولي.
3-    المجلس الاستشاري
يتشكل المجلس الاستشاري برئاسة عميد الكلية، ويضم أحد الوكلاء وأرباب العمل وبعض الأساتذة من كليات الصيدلة بالجامعات الأخرى.
يهدف هذا المجلس إلى تقديم آرائه ومقترحاته بشأن تطوير الخطط والبرامج بما يتوافق مع احتياجات سوق العمل والتطورات العلمية. كما يعد بمثابة جسر تواصل بين الخبرات المحلية والدولية، مما يتيح للكلية الاستفادة من تجارب ناجحة في مؤسسات تعليمية مرموقة. ويسهم المجلس الاستشاري في تقديم رؤى استراتيجية تسهم في تحسين جودة التعليم وتطوير المناهج بما يتلاءم مع المعايير العالمية.
4-    المجلس الاستشاري الطلابي
يُعتبر المجلس الاستشاري الطلابي منبرًا هامًا للتواصل بين الطلاب وإدارة الكلية، حيث يضم الطلاب المتميزين والمعنيين بالأنشطة الجامعية.
يعمل هذا المجلس على نقل مطالب وآراء الطلاب، مما يضمن تلبية احتياجاتهم وتحفيزهم للمشاركة الفعالة في العملية التعليمية من خلال إشراكهم في اتخاذ القرار، وتعزيز روح الانتماء والمسؤولية بينهم، مما يسهم في خلق بيئة تعليمية محفزة ومبتكرة.
كما يعمل المجلس الاستشاري الطلابي على تعزيز قنوات التواصل وتقديم أفكار جديدة تسهم في رفع مستوى الخدمات الأكاديمية والأنشطة اللامنهجية.